Zulkarnaen, diketahui memiliki beberapa nama samaran, antara lain Aris Sumarsono alias Daud alias Zaenal Arifin alias Abdulrahman. Dia juga terlibat dalam penyembunyian DPO atas nama Udin alias Upik Lawangan alias Taufik Bulaga yang merupakan ahli perakit bom.
Selain itu, Zulkarnain juga merupakan orang yang membentuk unit khos yang dalam struktur Jamaah Islamiyah merupakan satu unit tentara khusus. Tentara khusus itu terlibat dalam beberapa konflik agama, seperti di Poso, Sulawesi Tengah pada 2000 silam dan konflik bernuansa SARA di Ambon tahun 2011 lalu.
Dia masuk dalam daftar pencarian orang (DPO) Polda Bali No Pol : DPO/32/XII/2002/Ditreserse bukan eksekutor lapangan tapi penanggungjawab aksi teror.
Aksinya yang direstuinya Bom Bali I pada 2002 yang menewaskan 202 orang, peledakan di Hotel JW Marriott pada 2003, serta peledakan di Kedutaan Besar Australia, September 2004.