4. Institut Agama Islam Negeri Ambon
IAIN Ambon merupakan salah satu perguruan tinggi negeri islam yang berada di Ambon. Kampus ini memiliki banyak program studi umum dan keislaman. Perguruan tinggi negeri ini salah satu yang banyak dicari calon mahasiswa.
5. STA Kristen Protestan Negeri Ambon
Selain IAIN yang menjadi kampus keagamaan, Maluku juga memiliki perguruan tinggi Kristen protestan yakni Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri Ambon. Kampus ini memiliki banyak program studi yang menarik untuk calon mahasiswa.