Dalam amanat UU ini juga ditandai dengan adanya badan khusus yakni Badan Pengarah Percepatan Pembangunan Otonomi Khusus Papua atau Badan Pengarah Papua (BPP) otsus Papua.
Latar Belakang
MPR pada tahun 1999 dan 2000 menetapkan perlunya pemberian status Otonomi Khusus kepada Provinsi Papua (dulunya Irian Jaya). Hal ini merupakan suatu langkah awal yang positif dalam rangka membangun kepercayaan rakyat kepada Pemerintah, sekaligus merupakan langkah strategis untuk meletakkan kerangka dasar yang kukuh bagi berbagai upaya yang perlu dilakukan demi tuntasnya penyelesaian masalah-masalah di Provinsi Papua.
Tujuan otsus dari Pemerintah ke Papua ini juga untuk memberikan kesejahteraan, kemakmuran dan pengakuan terhadap hak-hak dasar Rakyat Papua.
Provinsi di Papua
Saat ini di Papua terdapat enam provinsi. Pertama Provinsi Papua dengan Ibu Kota Jayapura. Kemudian Papua Barat dengan Ibu Kota Manokwari.
Selanjutnya Papua Selatan dengan Ibu Kota Merauke. Lalu Papua Tengah Ibu Kota Nabire, Papua Pegunungan dengan Ibu Kota Jayawijaya dan Papua Barat Daya yang belum diundangkan secara resmi, namun berada di wilayah Sorong.