2. Universitas Musamus Merauke
Selanjutnya, Universitas di Papua yang satu ini juga merupakan salah satu PTN yang ada di Bumi Cenderawasih. Universitas Musamus Merauke yang berdiri pada 16 Agustus 2006 ini sebelumnya Sekolah Tinggi Teknik yang beralih status.
Lokasinya di Jalan Kamizaun Mopah Lama, Rimba Jaya, Kecamatan Merauke, Kabupaten Merauke Papua. Universitas ini memiliki beberapa fakultas seperti Fakultas Hukum, Fakultas Teknik, Fakultas Ekonomi dan Sosial Politik, Fakultas Ilmu sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Pertanian hingga Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan.
3. Universitas Sains dan Teknologi Jayapura
Universitas swasta di Papua yang satu ini terletak di Jalan Raya Sentani Padang Bulan Abepura, Jayapura. Salah satu kampus teknik terbaik di Papua ini memiliki berbagai fakultas, di antaranya Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan, Teknologi Industri dan Kebumian, Ilmu Komputer dan Manajemen, Ekonomi, Sastra dan Sosial Politik, dan Fakultas Ilmu Kesehatan.
4. Universitas Yapis Papua
Universitas di Papua urutan keempat ini adalah salah satu perguruan tinggi swasta yang berdiri sejak 14 April 2004. Fakultas yang ada di universitas ini antara lain Fakultas Pendidikan Agama Islam, Fakultas Ekonomi, Fakultas Hukum, Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas. Perikanan dan Ilmu Kelautan, F. Teknik dan Sistem Informasi.
Kampus Universitas Yapis Papua berlokasi di Jalan Dr Sam Ratulangi Nomor 11, Trikora, Jayapura Utara, Kota Jayapura Papua.