Pembangunan di sekitar danau secara serampangan juga mengancam kelestarian lingkungan yang mengakibatkan pendangkalan karena tumbuh suburnya gulma eceng gondok.
Di sisi lain, oknum yang melakukan usaha di Danau Tondano selain tidak memiliki izin, juga tidak memberikan pemasukan Pendapatan Asli Daerah (PAD).
Misalnya, keramba ikan yang tidak berizin tidak membayar pajak serta bangunan-bangunan di sempadan Danau Tondano juga tidak memiliki legal sehingga pemerintah daerah tidak dapat mengeluarkan Izin Mendirikan Bangunan (IMB).
Situasi ini tentunya merugikan keuangan daerah dan harus segera ditertibkan agar aktivitas di Danau Tondano yang merupakan kekayaan negara bisa bermanfaat bagi pemerintah maupun masyarakat luas.
Kepala Satuan Tugas Direktorat Koordinasi dan Supervisi Wilayah IV Wahyudi mengatakan KPK melihat revitalisasi Danau Tondano perlu dilakukan dengan cepat karena selain merugikan negara, langkah ini juga sebagai upaya pemulihan dan penyelamatan lingkungan.