Saat awal menjabat di Kulonprogo, Widagdo melakukan gebrakan dalam penuntasan kasus korupsi dana desa di Kulonprogo. Saat itu dia menetapkan Kepala Desa Banguncipto, Sentolo, HS (55) dan bendahara desa SM (60) sebagai tersangka penyalahgunaan dana kas desa. Total kerugian mencapai Rp1,15 miliar selama kurun waktu 2014 sampai dengan 2018.
Sebelumnya, Widagdo pernah menyampaikan keinginan untuk mewujudkan pemerintahan yang bersih bebas dari korupsi. Sejak menjabat di Bima, Widagdo terus mengungkap kasus korupsi.
“Kalau korupsi saya tidak bisa diam, saya dididik untuk itu. Kalau ada kecurangan negara akan saya semprit,” katanya.