RSUP Dr Sardjito juga melakukan koordinasi dengan Dinkes DIY dan rumah sakit lain dalam implementasi pedoman revisi 5 penanganan Covid-19. Rumah Sakit dalam hal ini akan melakukan perawatan untuk kasus sedang dan berat sementara kasus tanpa gejala atau ringan diupayakan isolasi mandiri atau ke shelter.
Tenaga kesehatan disiapkan pengaturan jam kerja dengan mekanisme 4 shift, tambahan asupan gizi, maupun persiapan rumah singgah. Obat dan alat kesehatan disiapkan dengan memprediksi ketersediaan sampai bulan april 2021 terpenuhi. Termasuk kesiapan Alat Pelindung Diri (APD) bagi tenaga kesehatan yang melayani pasien.