Sementara itu, Kerajaan Mataram Hindu dipimpin oleh Rakai Garung dan Rakai Warak, kedua anak Rakai Panaraban. Rakai Warak memiliki anak bernama Rakai Pikatan yang membangun Candi Plaosan dan Candi Roro Jonggrang.
Rakai Pikatan akhirnya menikah dengan Pramodhawardani dan membuat Kerajaan Mataram Hindu dan Buddha bersatu kembali. Dari pernikahan tersebut, keduanya dikaruniai anak bernama Dyah Lokapala yang melahirkan Dyah Tagwas dan seorang anak perempuan.
Secara keseluruhan, Kerajaan Mataram pernah dipimpin oleh tiga dinasti atau wangsa. Ketiga wangsa tersebut adalah wangsa Sanjaya, Syailendra, dan Isyana.
Wangsa Sanjaya menjadi pemeluk agama Hindu, sedangkan Syailendra adalah penganut agama Buddha, dan wangsa Isyana berada di bawah kepemimpinan Mpu Sindok yang menjadi penanda runtuhnya Kerajaan Mataram Kuno.
Mpu Sindok adalah seorang penasihat kerajaan yang didapuk menjadi raja karena raja terakhir dari Mataram Kuno tidak memiliki keturunan. Mpu Sindok lalu memindahkan pusat pemerintahan ke Jawa bagian timur.