Dalam menjalankan fungsinya tersebut BLKK didukung dengan keberadaan unit-unit laboratorium yaitu laboratorium patologi dan immunologi, kimia kesehatan, mikrobiologi, media dan reagensia serta unit kalibrasi.
Pengembangan laboratorium termasuk peningkatan sarana dan prasarana merupakan upaya yang harus dilakukan dalam rangka peningkatan kapasitas serta mutu pelayanan untuk memenuhi kebutuhan masyarakat.
"Di era transformasi system kesehatan, saat ini, BLKK sebagai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Tingkat III dituntut memberikan kualitas pelayanan pemeriksaan/pengujian sesuai standar yang dipersyaratkan seta memiliki peran dalam pembinaan laboratorium Kesehatan yang ada di kabupaten dan kota,"ujarnya.
Berbagai regulasi terkait lintas sektor mensyaratkan hasil pemeriksaan laboratorium kesehatan. Misalnya dalam pengurusan perijinan dunia usaha, seperti industri makanan, minuman, kosmetik maupun dunia pariwisata yang menjadi unggulan di DIY.
Pada 2022 telah dilaksanakan pembangunan gedung laboratorium terpadu BLKK. Laboratorium ini menempati lahan seluas 10.823 m2. Pada lahan tersebut dibangun gedung laboratorium 4 lantai. Luas bangunan lantai pertama gedung baru ini sebesar 831,99 m2, sedangkan total luas bangunan mencapai 3.293,51m persegi
"Kegiatan pembangunan gedung menggunakan anggaran APBD sebesar Rp22,35 miliar,"kata dia.