Setelah beberapa tahun bertanding di dua disiplin sekaligus, baru pada 2005 Markis Kido berkonsentrasi di ganda putra. Dia bersanding dengan Hendra Setiawan.
Bersama-sama, duet Markis Kido/Hendra Setiawan meraih banyak gelar. Di antaranya medali emas Olimpiade 2008, memenangkan Piala Dunia 2006, serta kejuaraan dunia BWF 2007 dan 2010.
Tidak hanya itu, Markis Kido juga menjuarai Asian Games 2010, serta tujuh medali emas SEA Games. Markis Kido melengkapi prestasinya dengan 10 gelar Superseries.
Duet Markis Kido/Hendra Setiawan pernah menduduki peringkat pertama dunia IBF untuk ganda putra pada September 2007. Mereka pasangan andalan Indonesia setelah pensiunnya pasangan Chandra Wijaya/Sigit Budiarto dan meredupnya pasangan Luluk Hadianto/Alvent Yulianto Chandra.