Dengan prestasi yang didapatnya itu wajar jika Jacksen F Tiago mendapatkan tawaran melatih dari klub elit Indonesia. Ia tercatat menahkodai beberapa klub seperti Persita Tangerang (2006), Persiter Ternate (2007), Mitra Kukar (2008), dan Persitara Jakarta Utara (2008).
Kegemilangan karirnya saat meraih tiga trofi Indonesia Super League (2008-2009, 2010-2011, dan 2012-2013), runner-up musim 2010 dan lolos untuk pertama kalinya ke babak 16 besar Liga Champions Asia 2011 bersama Persipura Jayapura.
Atas keberhasilannya melatih Persipura Jayapura, Jacksen F Tiago dipercaya menggantikan posisi pelatih Timnas Indonesia pada Juni 2013 yang sebelumnya dipegang Luis Manuel Blanco dan Nil Maizar.
Namun sayang, di laga perdananya melatih skuad Garuda, tepatnya pada laga uji coba kontra Belanda, Timnas Indonesia harus menelan kekalahan telak dari Belanda dengan skor 0-3.
Jacksen F Tiago baru menelan hasil positif di laga kedua pada laga bertajuk persahabatan kontra Filipina. Di laga yang dihelat di Stadion Utama Gelora Bung Karno itu ia dan anak asuhnya sukses memenangkan laga 2-0.