Namun, catatan Jacksen F Tiago dan Timnas Indonesia di laga babak penyisihan Grup C Kualifikasi Piala Asia 2014 jauh dari kata memuaskan. Skuad Garuda hanya mampu meraih satu kali seri dari China 1-1 dan dua kali kekalahan dari China (1-0) dan Irak (0-2). Serta sempat meraih kemenangan telak 4-0 di laga persahabatan melawan Kirgistan.
Setelah tidak lagi menukangi Timnas Indonesia, Jacksen F Tiago memilih meneruskan kariernya di Liga Malaysia dan melatih klub Penang FC tepatnya pada musim 2014.
Pada akhirnya, dipecat dua musim berselang buntut dari kekalahan yang didapat di laga terakhir.
Dia kembali ke Indonesia dan kali ini melatih Barito Putera di musim 2016. Ia menangani klub berjuluk Laskar Antasari itu selama tiga musim dan memimpin 75 laga.
Setelah itu, dirinya kembali bereuni dengan Persipura Jayapura di musim 2019-2020. Ini menjadi periode kedua bagi eks pelatih Timnas Indonesia itu menukangi skuad Mutiara Hitam yang sebelumnya pernah terjadi pada musim 2008-2014.
Jacksen F Tiago berhasil mengangkat performa Persipura Jayapura. Pada musim 2019-2020, sukses antarkan timnya finis di peringkat keempat klasemen Shopee Liga 1 Indonesia.
Kekalahan yang dialami Persipura Jayapura membuat Jacksen F Tiago lengser. Posisinya digantikan Ridwan Bauw. November 2021, Jacksen F Tiago menukangi Persis Solo. Dia pun sukses membawa Laskar Sambernyawa naik ke Liga 1.
Petualangan Jacksen F Tiago di Persis Solo harus berhenti pada 19 Agustus 2022. Serangkaian hasil negatif yang didapat menjadi alasan dirinya mundur dari kursi kepelatihan. Jacksen F Tiago menegaskan jika dirinya belum akan pensiun dari dunia kepelatihan.