Fungsi lain yang tak kalah penting adalah kemampuan sistem perakaran mangrove dalam memengaruhi pergerakan sedimen.
Ketika air mengalir melewati kawasan mangrove, struktur akar dan batang dapat memperlambat kecepatannya. Sedimen yang terbawa air kemudian lebih mudah mengendap di sekitar vegetasi.
Dalam jangka panjang, proses tersebut membantu membentuk dan mempertahankan struktur kawasan pesisir.
Inilah salah satu alasan mengapa mangrove kerap disebut sebagai benteng alami. Perlindungannya tidak hanya berasal dari batang atau tajuk pohon, tetapi juga dari jaringan akar yang bekerja di bawah dan di sekitar permukaan tanah.
Akar mangrove juga berkaitan dengan proses biologis yang terjadi di dalam ekosistem.