Cerita mistis yang seringkali dikisahkan mengenai benteng ini adalah saat ada acara pameran lukisan Festival Kesenian Jogja, tiba-tiba ada banyak pasukan Belanda yang masuk ke tempat ini membuat semua orang dan penjaga di sni langsung keluar dari bangunan ini. Padahal acaranya digelar saat siang hari. Selain itu warga yang tinggal di sekitar Benteng Vredeburg mengaku sering diganggu oleh hantu yang menyerupai Noni Belanda yang setengah badannya mirip dengan kuda.
2. Kandang Menjangan
Wisata horor di Jogja selanjutnya ada Kandang Menjangan. Kandang Menjangan ini dulunya adalah hutan bagi para kerabat keraton yang biasanya berburu. Kejadian seram ini dimulai pada 1613 saat itu ada kerabat keraton yang berburu lalu dia diseruduk oleh kijang (Menjangan).
Setelah kejadian tersebut, salah satu kerabat keraton meninggal dunia, untuk menghormatinya, dibangun benteng ini yang berfungsi untuk berlindung dari hewan buruan yang ada di hutan ini. Karena benteng ini memiliki bangunan yang tertutup dan terlihat tidak terurus, membuat tempat ini menjadi salah satu tempat yang sangat angker. Bahkan, jika ingin memasukinya, Anda harus didampingi juru kunci agar tidak terjadi hal-hal yang tidak diinginkan.
3. Gua Jepang di Kaki Gunung Merapi
Wisata horor di Jogja lainnya ada Gua Jepang. Diketahui, ada dua gua Jepang di Yogyakarta. Pertama, Gua Jepang Puncong di Jalan Jogja-Parangtritis satunya lagi Gua Jepang Kaliurang yang ada di kaki Gunung Merapi. Konon katanya, Gua Jepang di kaki Gunung Merapi inilah yang terkenal angker.
Gua Jepang ini bisa ditemukan di kompleks wisata alam Nirmolo Kaliurang. Di dalam gua ini pernah terjadi penyiksaan warga pribumi oleh tentara Jepang. Selain itu, gua ini juga digunakan sebagai tempat persembunyian dari tentara sekutu. Setelah puluhan tahun terbengkalai, munculah beragam kisah misteri di sini.
4. Rumah Kentang
Wisata horor di Jogja yang bisa membuat Anda merinding ada Rumah Kentang. Mungkin Anda sering mendengar rumah kentang sebagai rumah angker di beberapa daerah. Kalau di Yogyakarta, rumah yang memiliki bangunan kuno ini terletak diseberang SMA Stella Duce I, Kota Baru. Mengapa dinamai Rumah Kentang? Karena saat melewati rumah ini konon akan mencium aroma kentang seperti dibakar yang dipercaya sebagai aroma salah satu mahluk halus yaitu Genderuwo. Lebih seramnya lagi, di depan rumah ini terdapat lonceng kecil yang seringkali berbunyi padahal tak ada seorang pun yang ada di depan pintu ini.