Dalam memperkuat protokol kesehatan di tengah pandemi, Bandara Soekarno-Hatta berinovasi melalui Biosecurity Management, misalnya adalah pemeriksaan kesehatan (health screening. Dalam hal ini setiap orang yang memasuki gedung terminal harus melalui pemeriksaan suhu tubuh dengan thermal scanner dan smart helmet yang digunakan personel aviation security.
Pemeriksaan suhu tubuh juga dilakukan di area kedatangan internasional.
Pemeriksaan hasil tes COVID-19 juga dilakukan di area keberangkatan domestik, melalui validasi barcode aplikasi PeduliLindungi.
Inovasi lain yang dilakukan Bandara Soekarno-Hatta adalah jaga jarak (physical distancing), layanan/fasilitas tanpa sentuh (passenger touchless processing), facility cleanliness, serta people protection dimana setiap orang di bandara diwajibkan menggunakan masker dan bagi personel bandara menggunakan alat pelindung diri (APD) sesuai dengan tugas masing-masing.