Pada zaman kolonial, danau ini lebih dikenal dengan nama Wissel Meeren, sesuai dengan nama tiga danau yang terletak di sekitar pusat Kota Enagotali. Danau ini ditemukan oleh seorang Pilot berkebangsaan Belanda Wissel, Tahun 1938. Danau dalam bahasa Belanda ‘meer’ sedangkan dalam bentuk jamak disebut dengan ‘meeren’. Karena Wissel yang menemukan danau tersebut, maka dikenal dengan nama Wisselmeeren. Sejak saat itu masyarakat Paniai mulai berinteraksi dengan dunia luar.
Di sekitar Danau Paniai dibangun sebuah homestay atau penginapan yang diperuntukkan bagi para pengunjung yang ingin tinggal lebih lama di sekitar danau oleh masyarakat sekitar.
Pengunjung yang ingin menikmati keindahan danau Paniai, Anda tak perlu mengeluarkan biaya sepeser pun. Tetapi, Anda harus menyiapkan uang jika ingin menyewa perahu untuk berkeliling danau ini. Sementara iyu, Danau Paniai terletak di Madi, Badauwo, Paniai Timur, Kabupaten Paniai, Papua.
Bagi wisatawan yang ingin mengunjungi Danau Paniai, dapat memulai perjalanan dari Kota Enarotali, Ibu Kota Kabupaten Paniai. Dari Kota Enarotali, tersedia dua jalur menuju kawasan Danau. Pertama, menggunakan jalur darat dengan menyewa bus melintasi medan jalan yang terjal. Kedua, melalui jalur udara dengan menumpang pesawat AMA dan AMAF. Pesawat jenis Cessna yang bisa mendarat di wilayah dataran tinggi.