Refly pertama kali menjabat sebagai pejabat BUMN saat diangkat menjadi Komisaris Utama PT Jasa Marga (Persero) Tbk pada 2015. Dia sempat dicopot oleh Menteri BUMN waktu itu, Rini Soemarno.
Pria kelahiran Palembang itu kembali ditunjuk menjadi Komisaris Utama Pelindo I pada 2018 hingga akhirnya dicopot pada April 2020.
Sebelum menjadi pejabat BUMN, Refly dikenal sebagai pakar hukum tata negara. Pada 2010, dia pernah ditunjuk menjadi Ketua Tim Investigasi Mafia Hukum di Mahkamah Konstitusi (MK).