Satu bulan sejak peristiwa itu, maka orang-orang pun bubar meninggalkan majelis Imam Bukhari kecuali Imam Muslim bin Hajjaj dan Ahmad bin Salamah.
Pada akhirnya, Imam Bukhari pun memutuskan untuk meninggalkan Naisabur demi menjaga keutuhan umat dan menjauhkan diri dari gejolak fitnah.
Imam Bukhari menyerahkan segala urusannya kepada Allah جل جلاله .Allah lah Yang Maha mengetahui keadaan hamba-hamba-Nya. Sebab beliau tidaklah menyimpan ambisi kedudukan maupun kepemimpinan sama sekali.
Imam Bukhari berlepas diri dari tuduhan yang dilontarkan oleh orang-orang yang hasad kepadanya.
Suatu saat, Muhammad bin Nashr al-Marwazi menceritakan: Aku mendengar dia -Bukharimengatakan, “Barangsiapa yang mendakwakan aku berpandangan bahwa Al-Qur’an yang aku lafalkan adalah makhluk, sesungguhnya dia adalah pendusta. Sesungguhnya aku tidak berpendapat seperti itu".
Setelah keluar dari Naisabur, Imam Bukhari pergi ke Khartank, sekitar 2 farsakh atau sekitar 12 km dari Samarkand. Di sana, Imam Bukhari tinggal di rumah saudaranya. Sampai akhirnya beliau jatuh sakit. Sehingga suatu malam, Imam Bukhari berdoa kepada Allah.