Gagasan itu kemudian diwujudkan dengan pemancangan batu pertama sebagai tanda dimulainya pembangunan Masjid Istiqlal oleh Presiden Soekarno pada 24 Agustus 1961. Momen itu bertepatan dengan peringatan Maulid Nabi Muhammad SAW dan disaksikan ribuan umat Islam.
Namun, pembangunan masjid ini tidak berjalan lancar, karena situasi politik yang kurang kondusif.
Setelah situasi politik mereda, pada tahun 1966, Menteri Agama KH M Dahlan memelopori kembali pembangunan Masjid Istiqlal. Kepengurusan dipegang oleh KH Idham Chalid yang bertindak sebagai Koordinator Panitia Nasional Pembangunan Masjid Istiqlal.
Uniknya, Arsitek Masjid Istiqlal adalah Frederich Silaban, seorang Kristen Protestan.
17 tahun kemudian, Masjid Istiqlal selesai dibangun. Dimulai pada tanggal 24 Agustus 1961, dan diresmikan penggunaannya oleh Presiden Soeharto pada tanggal 22 Februari 1978, ditandai dengan prasasti yang dipasang di area tangga pintu As-Salam.