Benih Cinta Semasa Remaja
Berdasarkan buku 'Rudy: Kisah Masa Muda Sang Visioner', dikisahkan bahwa awal mula kisah cinta Habibie-Ainun dimulai ketika masa remaja, saat keduanya masih duduk di bangku Sekolah Menengah Pertama. Namun, keduanya baru saling memperhatikan ketika sama-sama bersekolah di SMA Kristen Dago Bandung, Jawa Barat.
Di masa-masa remaja ini, keduanya sama-sama dikenal cerdas dan sering dijodohkan. Namun saat itu, Habibie belum merasa tertarik dengan Ainun. Walaupun demikian, dia sempat menggoda calon istrinya itu dengan menjulukinya 'Gula Merah'.
Putus Komunikasi dan Kembali Dipertemukan
Jodoh selalu dipertemukan, begitulah kata orang-orang. Ini berlaku bagi kisah cinta Habibie-Ainun yang kembali dipertemukan setelah keduanya bertahun-tahun tak bertemu lantaran Habibie melanjutkan kuliah dan bekerja di Jerman, sementara Ainun tetap di Indonesia dan berkuliah di Universitas Indonesia (UI).
Di sinilah Habibie merasa terkejut saat bertemu dengan Ainun, dan benih-benih cinta dimulai dari sini. Habibie kemudian menjuluki Ainun dengan sebutan 'Gula Pasir'.
Menjalin Asmara dan Menikah
Setelah sama-sama menyukai satu sama lain, keduanya pun menjalin tali asmara yang berlanjut ke jenjang pernikahan. Tepat pada 12 Mei 1962, Habibie menikahi Ainun di Rangga Malela, Bandung. Akad nikah Habibie dan Ainun digelar secara adat dan budaya Jawa, sedangkan resepsi pernikahan digelar keesokan harinya dengan adat dan budaya Gorontalo. Dari pernikahannya tersebut, Habibie dan Ainun dikaruniai dua putra, yakni Ilham Akbar dan Thareq Kemal.