Adiknya, Alam Anggara Urbach berprofesi sebagai penulis lagu. Salah satu kakaknya bernama Farah Leonora Urbach.
Nafa Urbach lahir dengan agama Kristen, lalu saat menjalin hubungan dengan aktor Primus Yustisio sekitar 4 tahun, ia pindah ke Islam namun hubungan mereka kandas. Dan pada 2003 ia kembali pindah keyakinan menjadi Kristen.
Pada 1997-2001, Nafa menjalin kisah cinta dengan Primus. Kedekatan keduanya bermula ketika mereka beradu akting di sebuah sinetron berjudul Bidadari Yang Terluka.
Pada 16 Februari 2007, Nafa menikah dengan aktor dan model blasteran bernama Zack Lee. Dari pernikahan ini, Nafa dan Zack dikaruniai anak perempuan bernama Mikhaela Lee Juwono yang lahir pada 8 Februari 2011.
Sayangnya, pernikahan Nafa dan Zack tak bertahan lama, mereka resmi bercerai pada tanggal 23 Oktober 2017. Tapi, hubungan keduanya masih akur sampai sekarang.