Akhirnya Kishimoto melanjutkan pendidikannya di akademi seni. Saat kuliah inilah dia membuat manga berjudul Karakuri yang berhasil menarik perhatian penerbit Shueisha untuk menerbitkannya pada 1996.
Karena karyanya ini Kishimoto mendapat Hop Step Award, sebuah penghargaan bulanan majalah Shonen Jump yang diberikan untuk mangaka amatir berbakat.
Dia pun mulai membuat manga berjudul Hiatari-kun,sebuah cerita berkisar tentang ninja remaja yang bisa dikatakan sebagai ide awal Naruto. Sampai pada 1999, ketika Naruto pertama kali dipublikasikan di Shounen jump membuat Masashi Kishimoto menerima penghargaan hop step.