Skerritt kembali masuk nominasi dalam kategori yang sama pada 1994. Pencapaian tersebut memperlihatkan keberhasilannya di televisi, sekaligus melengkapi reputasinya sebagai aktor yang mampu tampil kuat dalam film maupun serial drama.
Selain Alien, Top Gun, dan MASH*, Tom Skerritt juga terlibat dalam sejumlah film yang mendapat perhatian luas.
Pada 1989, dia membintangi drama Steel Magnolias sebagai Drum Eatenton, suami dari karakter M'Lynn Eatenton yang diperankan Sally Field.
Pada 1992, Skerritt tampil dalam A River Runs Through It, film drama yang disutradarai Robert Redford. Dalam film tersebut, dia memerankan Pendeta Maclean dan beradu akting dengan sejumlah pemain, termasuk Brad Pitt.
Skerritt juga tampil dalam film fiksi ilmiah Contact pada 1997 bersama Jodie Foster. Dia memerankan David Drumlin, seorang ilmuwan yang terlibat dalam perdebatan mengenai upaya manusia menjalin komunikasi dengan kehidupan di luar Bumi.