Materi edukasi Museum MACAN menyebut ambisi Kusama untuk menjadi seniman tidak didukung orang tuanya. Lingkungan rumah yang menekan dan pengalaman halusinasi yang dialaminya sejak kecil kemudian ikut memengaruhi perjalanan hidup serta praktik seninya.
Pada 1948, meski mendapat penolakan dari orang tua, Kusama mendaftarkan diri di sekolah seni di Kyoto untuk mengejar cita-citanya. Di sana ia mempelajari Nihonga, gaya lukisan tradisional Jepang.
Namun, Kusama merasa pendekatan tersebut terlalu membatasi kreativitasnya. Ia kemudian mulai mengembangkan pendekatan seni sendiri dengan menggunakan cat air, pastel, dan cat minyak.
Karya-karya awalnya sudah memperlihatkan kecenderungan terhadap pola repetitif yang kemudian menjadi dasar dari gaya visualnya.
Tahun 1957 menjadi titik penting dalam kehidupan Kusama. Ia meninggalkan Jepang dan pergi ke Amerika Serikat.