Karier internasionalnya kemudian semakin kuat. Pada 1993, ia tampil sebagai wakil resmi Jepang di Venice Biennale.
Karya-karyanya selanjutnya dipamerkan di berbagai museum besar dunia, termasuk MoMA, Tate Modern, Centre Pompidou, Whitney Museum of American Art, dan berbagai institusi seni lainnya.
Pengakuan terhadap Kusama semakin besar memasuki abad ke-21.
Ia menerima berbagai penghargaan bergengsi, termasuk Praemium Imperiale pada 2006 dan Order of Culture dari Jepang pada 2016. Kusama juga pernah dinobatkan sebagai salah satu tokoh paling berpengaruh versi TIME 100.
Pada 2014, ia disebut sebagai seniman paling populer di dunia berdasarkan jumlah pengunjung pamerannya menurut Art Newspaper. Tur pamerannya di Amerika Latin dan Asia disebut telah menarik lebih dari dua juta pengunjung.
Pada 2017, Yayoi Kusama Museum resmi dibuka di Tokyo. Museum tersebut didirikan untuk menyebarluaskan dan mempromosikan karya Kusama serta menjadi tempat penyimpanan dan pameran karya-karyanya.