"Saya telah membuat rakyat dan staf kementerian menjadi tidak nyaman," kata Hanashi, kepada parlemen, dikutip dari Reuters.
Hanashi meminta maaf seraya mengatakan kepada anggota parlemen dia menarik pernyataannya kembali.
Jepang sejak puluhan tahun menerapkan hukuman mati dengan cara digantung. Terpidana baru diberi tahu pada pagi saat hari pelaksanaan eksekusi. Cara itu dikecam kelompok HAM.
Kishida menerima pengunduran diri Hanashi.
"Saya merasa bertanggung jawab penuh (karena menunjuk Hanashi)," kata Kishida.
Selanjutnya Kishida menunjuk Ken Saito, mantan menteri pertanian lulusan Universitas Haarvard, untuk menggantikan Hanashi.
Pada 24 Oktober lalu menteri revitalisasi ekonomi Daishiro Yamagiwa mengundurkan diri terkait hubungannya dengan Gereja Unifikasi.