Namun pada 2007, kepopuleran Musharraf melemah. Ini karena keputusannya pada Oktober untuk menangguhkan konstitusi dan menyatakan keadaan darurat, yang memberinya posisi baru sebagai Kepala Militer. Musharraf bahkan memecat Hakim Ketua di Mahkamah Agung. Beberapa pihak percaya bahwa Musharraf melakukan ini untuk kepentinga pribadi dalam pencalonan presiden kembali.
Mahkamah Agung kemudian menolak dirinya untuk pemilihan presiden kembali, dan membuat Musharraf kehilangan jabatannya.
Setelah tidak menjabat menjadi presiden, beberapa pihak mencoba menyeret Musharraf ke pengadilan atas dugaan prosedur yang tidak tepat dalam memberlakukan keadaan darurat. Musharraf kemudian diasingkan di London, Inggris, pada 2008.
Kemudian pada Oktober 2010, setelah masa pengasingan, Musharraf mengumumkan pembentukan partai politik baru, yaitu Liga Muslim Pakistan. Dua berjanji kembali ke Pakistan tepat waktu untuk pemilihan umum 2013. Namun, upayanya untuk mencalonkan diri dalam pemilihan dihadapi berbagai hambatan hukum dan politik, sebab dia masih dalam penyelidikan mengenai penangguhan konstitusi pada 2007 lalu.
Pada 2016, Musharraf pindah ke Dubai karena mengupayakan perawatan medis untuk kesehatannya. Di tahun 2019, sebuah pengadilan khusus di Pakistan telah memvonis hukuman mati kepada Musharraf atas tuduhan pengkhianatan dan menumbangkan konstitusi, meskipun kondisi kesehatannya terus memburuk.
Hingga pada akhirnya Pervez Musharraf meninggal dunia pada 5 Februari 2023 di pengasingan akibat penyakit langka yang dideritanya selama bertahun-tahun. Jenazahnya akan dimakamkan di kampung halaman keluarganya di Karachi, Pakistan.