Sejak peristiwa hilangnya Khashoggi mencuat, Kerajaan Arab Saudi merilis komentar yang berubah-ubah.
Pada 3 Oktober, seorang pejabat Saudi berkeras Khashoggi hidup dan meninggalkan Konsulat tidak lama setelah mendapatkan dokumen.
Adik Putra Mahkota Mohammed bin Salman sekaligus Duta Besar Saudi untuk AS, Pangeran Khaled bin Salman, menerbitkan surat terbuka pada 8 Oktober, yang menyebut laporan soal kematian Khashoggi sepenuhnya palsu dan tidak berdasar.
Pada 20 Oktober, Pemerintah Saudi mengeluarkan siaran pers menyusul dilakukannya investigasi awal oleh dinas penuntut umum Saudi.
Disebutkan, penyelidikan mereka mengungkapkan terjadi diskusi antara Khashoggi dan orang-orang yang bertemu dengannya di konsulat Saudi di Istanbul yang berujung pada perkelahian.