Mahathir lalu memecat Anwar. Perseturuan Mahathir dan Anwar sebenarnya sudah terjadi sebelumnya. Anwat dikenal vokal mengkritisi kebijakan Mahathir dan puncaknya adalah tuduhan kasus pelecehan dan pemecatan. Hal ini yang memicu Anwar mendirikan rumah politik baru yang kemudian diberi nama PKR.
Dia dinyatakan bersalah dan dijatuhi hukuman penjara pada 1999, tetapi dibebaskan pada 2004, setelah putusan kasusnya dibatalkan.
Namun pada Maret 2014, Anwar kembali dijatuhi hukuman penjara lima tahun karena tuduhan kedua, yang melarangnya mengikuti pemilihan umum. Meski demikian, dia tetap menjadi pemimpin de facto PKR dan memainkan peran dari balik jeruji besi.
Setelah Pakatan Harapan, kelompok oposisi yang dibangunnya, bersama beberapa partai lain, menang dalam pemilu 9 Mei lalu, Anwar mendapat pengampunan dari Yang di-Pertuan Agong Sultan Muhammad V dan dibebaskan. Dia mendapat pengampunan penuh atas usaha Mahathir yang kini menjadi sohibnya.
Setelah bergabung kembali ke partai, maka perjuangan selanjutnya adalah menjadi anggota parlemen. Tampaknya itu bukan hal sulit bagi pria 70 tahun itu.