Laporan surat kabar itu mengutip beberapa sumber tanpa nama yang diberi pengarahan tentang kejadian tersebut.
Menurut media AS, sumber dari tuduhan itu adalah memo yang dibuat oleh mantan direktur sementara FBI Andrew McCabe, yang dipecat oleh Trump pada Maret tahun ini.
Pengacara McCabe, Michael Bromwich, mengatakan kliennya tak mengetahui bagaimana media memperoleh memo tersebut.
Menurut Bromwich, memo itu sudah diserahkan kepada penasihat khusus yang sedang menyelidiki kemungkinan ikut campurnya Rusia dalam pilpres 2016, dan salinan lain tetap dipegang FBI.
"Kisah New York Times tidak akurat dan salah secara faktual," ucap Rosenstein.
"Saya tidak akan mengomentari lebih jauh cerita berdasarkan sumber anonim yang jelas-jelas bias terhadap kementerian dan memajukan agenda pribadi mereka sendiri."