Serupa dengan sejarah fakultas kedokteran di universitas lain, pendirian Fakultas Kedokteran UGM juga tak lepas dari didirikannya sekolah kedokteran oleh pemerintah Belanda. Di era penjajahan Jepang, sekolah kedokteran milik pemerintah Belanda beralih tangan dan dikenal sebagai Ika Daigaku di Batavia.
Usai proklamasi, nama sekolah kedokteran itu berubah nama menjadi Perguruan Tinggi Kedokteran (PTK). Sayangnya, situasi di Jakarta yang kurang aman pascaproklamasi membuat PTK harus dipindahkan ke salah satu wilayah di Jawa Tengah, yakni Yogyakarta, sebelum akhirnya menjadi bagian dari UGM.
Sampai saat ini, jurusan kedokteran UGM masih menjadi primadona bagi para calon mahasiswa. Pada tahun 2022 lalu, peminat jurusan kedokteran UGM mencapai 3.802 orang dengan daya tampung yang hanya 54 mahasiswa.
Salah satu kampus dengan jurusan kedokteran terbaik di Indonesia adalah Universitas Padjadjaran (Unpad). Sesuai pemeringkatan QS World University Rankings by Subject 2023, jurusan kedokteran Unpad berada di peringkat 501-550.
Fakultas Kedokteran (FK) Universitas Padjajaran hadir seiring dengan terbentuknya Universitas Padjadjaran. Gagasan pendirian FK Unpad datang dari dr Lie Kiat Teng, Menteri Kesehatan Republik Indonesia dalam Kabinet Ali Sastroamidjojo di masa pemerintahan Presiden Soekarno, pada Kongres IDI di Surabaya tahun 1953.