Rachmat Yasin ditetapkan tersangka oleh KPK sejak 25 Juni 2019 dan ditahan pada 13 Agustus 2020. Dalam kasus tersebut Rachmat Yasin diduga meminta, menerima atau memotong pembayaran dari sejumlah Satuan Kerja Perangkat Desa (SKPD) senilai Rp8,93 miliar.
Uang tersebut diduga digunakan untuk biaya operasional bupati dan kebutuhan kampanye pemilihan kepala daerah dan pemilihan legislatif yang diselenggarakan pada 2013 dan 2014.
Selain itu, Rachmat Yasin juga diduga menerima gratifikasi berupa tanah seluas 20 hektare di Jonggol, Kabupaten Bogor agar memperlancar perizinan lokasi pendirian pondok pesantren dan Kota Santri serta menerima gratifikasi berupa mobil Toyota Vellfire senilai Rp825 juta dari pengusaha.