KPK menduga Markus Nari melakukan perbuatan memperkaya diri sendiri atau orang lain atau korporasi dalam pengadaan e-KTP 2011-2013. Dia diduga menerima uang Rp4 miliar dari mantan Direktur Jenderal Kependudukan dan Pencatatan Sipil, Kementerian Dalam Negeri (Kemendagri) Irman yang saat ini telah berstatus narapidana.
KPK menduga penerimaan uang itu untuk memuluskan perpanjangan anggaran proyek e-KTP sebanyak Rp1,4 triliun di DPR pada 2012. Saat itu Markus Nari masih menjabat sebagai anggota Komisi II DPR yang membidangi urusan dalam negeri, sekretariat negara dan pemilu.
Atas perbuatannya Markus Nari disangka melanggar pasal 2 ayat (1) atau pasal 3 Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi juncto pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP.