Pada usia 16 tahun, ia diterima di École Polytechnique di Paris pada tahun 1814. Namun, monarki Bourbon menutup sekolah tersebut dua tahun kemudian karena alasan politik.
Comte muda sangat tertarik pada filsafat, sejarah, dan perkembangan kehidupan manusia dalam bermasyarakat. Dia banyak belajar dari pemikiran-pemikiran tokoh filsuf politik Perancis pada abad ke-18 seperti Montesquieu, Marquis de Condorcet, A.-R.-J. Turgot, dan Joseph de Maistre. Salah satu kenalannya yang paling berpengaruh di Paris adalah Henri de Saint-Simon, pendiri sosialisme. Meskipun memiliki persamaan gagasan dengan Saint-Simon, mereka akhirnya berpisah.
Pada tahun 1826 Comte mulai memberikan ceramah tentang "sistem filsafat positif" yang disusunnya, tetapi ia mengalami gangguan saraf serius. Setelah sembuh, ia melanjutkan ceramah dan akhirnya menerbitkan karyanya dalam enam volume yang disebut "Cours de Philosophie Positive" antara tahun 1830 dan 1842.
Pada tahun 1832 Comte juga menjadi tutor dan kemudian penguji di École Polytechnique yang dihidupkan kembali. Namun pada tahun 1842, ia kehilangan jabatannya dan sebagian besar penghasilannya setelah bertengkar dengan direktur sekolah. Selama sisa hidupnya, ia mendapatkan dukungan dari pengagum Inggris seperti John Stuart Mill dan Maximilien Littré di Perancis.
Comte menikah dengan Caroline Massin pada tahun 1825, tetapi pernikahan mereka tidak bahagia dan mereka berpisah pada tahun 1842. Pada tahun 1845, ia memiliki pengalaman emosional mendalam dengan Clotilde de Vaux yang meninggal karena TBC di tahun berikutnya. Episode ini mempengaruhi pemikiran dan tulisannya tentang peran perempuan dalam masyarakat positivis yang ingin ia bangun.