Pada tahun 1832 Comte juga menjadi tutor dan kemudian penguji di École Polytechnique yang dihidupkan kembali. Namun pada tahun 1842, ia kehilangan jabatannya dan sebagian besar penghasilannya setelah bertengkar dengan direktur sekolah. Selama sisa hidupnya, ia mendapatkan dukungan dari pengagum Inggris seperti John Stuart Mill dan Maximilien Littré di Perancis.
Comte menikah dengan Caroline Massin pada tahun 1825, tetapi pernikahan mereka tidak bahagia dan mereka berpisah pada tahun 1842. Pada tahun 1845, ia memiliki pengalaman emosional mendalam dengan Clotilde de Vaux yang meninggal karena TBC di tahun berikutnya. Episode ini mempengaruhi pemikiran dan tulisannya tentang peran perempuan dalam masyarakat positivis yang ingin ia bangun.
Setelah kematian Clotilde de Vaux, Comte menghabiskan waktu untuk menyusun karya lain yang berjudul "Sistem politik positif" yang menyelesaikan formulasi sosiologinya. Ia mengedepankan moralitas dan kemajuan moral sebagai fokus utama pengetahuan manusia dan pemerintahan. Karyanya mendapatkan pengakuan luas di Eropa dan memengaruhi banyak intelektual.
Comte meninggal karena kanker pada tanggal 5 september tahun 1857, ia meninggal di umur 59 tahun. Meskipun pribadinya agak muram dan egois, ia mengimbanginya dengan semangatnya untuk memajukan kesejahteraan umat manusia dan dedikasi terhadap ide-idenya. Karya-karyanya meskipun berat dan monoton dalam gaya tulisannya namun juga terkenal karena ruang lingkupnya yang besar dan pentingnya dalam pengembangan ilmu sosial modern.