Setelah Indonesia merdeka, Otto Iskandardinata diangkat menjadi Menteri Negara pada kabinet pertama Republik Indonesia tahun 1945. Tugas utamanya adalah menyiapkan Badan Keamanan Rakyat (BKR) yang terdiri dari pasukan rakyat di seluruh penjuru Indonesia.
Dalam menjalankan tugasnya, Otto mungkin telah membuat salah satu prajuritnya tidak senang, hingga berujung pada penculikan yang dilakukan oleh kelompok bernama Laskar Hitam.
Sayangnya, setelah diculik Otto Iskandardinata menghilang dan diperkirakan tewas di daerah Banten. Otto diperkirakan meninggal pada 20 Desember 1945 saat usianya baru menginjak 48 tahun.
Otto Iskandardinata diangkat sebagai pahlawan nasional berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 088/TK/Tahun 1973, tanggal 6 November 1973.
Monumen Pasir Pahlawan di Lembang, Kabupaten Bandung Barat, dibangun untuk menghormati peran dan perjuangan Otto. Nama Otto Iskandardinata juga pernah dijadikan nama jalan di beberapa kota di Indonesia.
Demikianlah biografi Otto Iskandardinata, salah satu tokoh yang berperan penting dalam perjuangan kemerdekaan Indonesia.