Pada awal berdiri dahulu, Komnas HAM tidak independen. Lembaga tersebut berada di bawah kendali rezim Orde Baru. Karena itu, peristiwa pelanggaran HAM marak terjadi di era tersebut. "Sehingga di zaman Orba pelanggaran HAM ya masif di mana-mana," tuturnya.
Rakyat mulai geram dengan gelapnya suasana demokrasi, akhirya desakan reformasi menguat yang berujung jatuhnya Presiden Soeharto. Sejalan dengan itu, kelembagaan Komnas HAM pun diperkuat melalui undang-undang, tidak lagi Keppres.
Keberadaan Komnas HAM, kata Mahfud, semakin kuat di era reformasi dengan lahirnya Undang-undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan HAM.
"Nah setelah reformasi lalu kita segera membuat Ketetapan MPR Nomor 17 Tahun 1998 tentang HAM yang kemudian disusun dengan lahirnya UU Nomor 39 Tahun 1999 tentang HAM. Jadi sesudah reformasi kita ingin memperbaiki perlindungan HAM. Hampir semua kovenan atau konvensi internasional yang dilahirkan oleh PBB tentang HAM diadopsi dalam UU 39/1999 itu," kata Mahfud.