Jabatannya sebagai Ketua YLBHI terhenti pada tahun 2006 setelah digantikan oleh Patra M Zen sebagai Ketua Umum Yayasan Lembaga bantuan Hukum Indonesia untuk periode 2006-2011.
Munarman sempat disebut terlibat sebagai tokoh Hizbut Tahrir Indonesia (HTI) pada tahun 2006. Sehingga pada Juni 2006, Munarman dipecat sebagai Ketua Dewan Pengurus YLBHI Indonesia. Namun dirinya melawan dan berjanji tidak akan mundur.
Selanjutnya, pada bulan April 2008 Munarman menjabat sebagai Ketua dari An Nashr Institut. Dan pada Januari 2013, Munarman dicalonkan oleh Suryadharma Ali, Ketua Umum PPP saat itu sebagai kandidat legislatif.
Tidak hanya itu, Munarman juga kerap menjadi sorotan dengan beberapa kontroversi yang pernah dia lakukan, antara lain:
1. September 2007, Munarman pernah ditahan di Polsek Metro Limo, Depok dan menjadi tersangka kasus perampasan kunci kontak, SIM dan STNK sopir taksi Blue Bird dengan pasal 335 KUHP tentang perbuatan yang tidak menyenangkan, dan pasal 368 KUHP tentang perampasan.
2. Juni 2008, Munarman menjadi salah seorang penentang keberadaan Ahmadiyah di Indonesia bersama beberapa tokoh-tokoh Islam lainnya yang ada di Indonesia. Selain itu, dia juga terkait dalam Insiden Monas 1 Juni 2008 terkait dengan penyerangan dan kekerasan yang dilakukan oleh FPI dan Laskar Islam terhadap massa AKK-BB, sekitar 500 orang memukuli peserta apel akbar AKK-BB dan merusak kendaraan bermotor di monas.
3. November 2012, Munarman dikeroyok dua orang lantaran membunyikan klakson berkali-kali di tengah kemacetan saat keluar dari kediamannya di kawasan Pondok Cabe.