Untuk memantau aktivitas rakyat, Jepang membentuk lembaga seperti Tonarigumi (RT dan RW versi Jepang) yang dimaksudkan untuk pengawasan ketat dan pengawasan kegiatan warga. Mereka juga menciptakan organisasi-organisasi propaganda, seperti Pusat Tenaga Rakyat (PUTERA), yang dipimpin oleh Bung Karno dan Bung Hatta untuk mengarahkan opini publik dan membujuk dukungan rakyat untuk mendukung Jepang. Namun, semua upaya ini semakin memperkuat kendali Jepang atas Indonesia.
Semasa Jepang berkuasa di Indonesia, Jepang menimbulkan dampak yang begitu besar bagi Indonesia. Dalam referensi yang ada menyebutkan bahwa Penjajahan Jepang lebih kejam daripada penjajahan yang dilakukan Belanda saat itu, yang memiliki dampak mulai dari ekonomi masyarakat hingga sosial budaya.
Dalam bidang ekonomi, Jepang sangat tergantung pada sumber daya alam Indonesia. Mereka melakukan asimilasi aset ekonomi dengan mengambil alih perkebunan, perbankan, pabrik, dan sektor pertanian yang sebelumnya dikuasai oleh Belanda.
Pemerintah Jepang juga memperkenalkan kebijakan swasembada untuk mengurangi ketergantungan Indonesia pada negara-negara lain. Jepang juga memberlakukan setoran wajib kepada warga Indonesia melalui Jawa Hokokai dan Nagyo Kumiai, lembaga yang bertujuan mengumpulkan dana untuk mendukung upaya perang Jepang.
Bagian besar dari penghasilan penduduk ditarik oleh pemerintah Jepang, dan ini menyebabkan banyak orang hidup dalam keadaan miskin.