Dalam UU tersebut, juga ditentukan batas-batas wilayah dari IKN Nusantara, yakni sebagai berikut:
a. Sebelah selatan berbatasan dengan Kecamatan Penajam Kabupaten Penajam Paser Utara, Teluk Balikpapan, Kecamatan Balikpapan Barat, Kecamatan Balikpapan Utara, dan Kecamatan Balikpapan Timur Kota Balikpapan
b. Sebelah barat berbatasan dengan Kecamatan Loa Kulu Kabupaten Kutai Kartanegara dan Kecamatan Sepaku Kabupaten Penajam Paser Utara
c. Sebelah utara berbatasan dengan Kecamatan Loa Kulu, Kecamatan Loa Janan, dan Kecamatan Sanga Sanga Kabupaten Kutai Kartanegara
d. Sebelah timur berbatasan dengan Selat Makassar