Besarnya jumlah madrasah swasta juga menjadi pertimbangan Kemenag dalam mendorong kebijakan pendidikan gratis agar mencakup sekolah swasta.
“Apabila kebijakan pendidikan gratis diimplementasikan tanpa menyertakan madrasah swasta, maka mayoritas para siswa yang menempuh pelajaran di madrasah itu akan terabaikan,” ungkapnya.
Nasaruddin menyebut sekitar 12 juta siswa saat ini menempuh pendidikan di madrasah swasta. Karena itu, dia menilai perlu ada solusi agar para siswa tersebut turut memperoleh manfaat dari kebijakan pendidikan gratis.
“Jadi kalau nanti ada penggratisan terhadap sekolah-sekolah selain negeri, maka madrasah swasta yang jumlahnya kurang lebih 12 juta anak-anak di sini hanya akan jadi penonton, dan sebetulnya tidak boleh terjadi. Maka itu nanti mungkin perlu ada solusi terbaik yang bisa kita lakukan terhadap mereka,” lanjutnya.
Selain kesejahteraan guru dan dukungan bagi madrasah swasta, Kemenag mendorong penyetaraan mutu madrasah dan pesantren serta penguatan Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (PTKIN).