Hasil ini membuat Sultan Agung murka dan menghukum mati tentara yang masih ada seperti Tumenggung Baureksa dan Pangeran Mandureja. Setelah mengalami kegagalan pada serangan pertama, maka serangan kedua ke Batavia kembali dilancarkan pada tahun 1629.
Kali ini, dipimpin Tumenggung Singaranu, Kiai Dipati Juminah, dan Dipati Purbaya. Dalam serangan kedua, Sultan Agung memerintahkan untuk mendirikan lumbung-lumbung padi di daerah Tegal dan Cirebon.
Ternyata informasi persiapan pasukan Mataram diketahui oleh VOC. Dengan segera VOC mengirim kapal-kapal perang untuk menghancurkan lumbung-lumbung yang dipersiapkan pasukan Mataram.
Di Tegal, tentara VOC berhasil menghancurkan 200 kapal Mataram, 400 rumah penduduk, dan sebuah lumbung beras. Pasukan Mataram pantang mundur, dengan kekuatan pasukan yang ada terus berusaha mengepung Batavia. Pasukan Mataram berhasil mengepung dan menghancurkan Benteng Hollandia.
Berikutnya, pasukan Mataram mengepung Benteng Bommel, tetapi gagal menghancurkan benteng tersebut. Pada saat pengepungan Benteng Bommel, terpetik berita JP Coen meninggal.
Peristiwa ini terjadi pada tanggal 21 September 1629. Dengan semangat juang yang tinggi pasukan Mataram terus melancarkan serangannya.