Sementara itu, Mahfud mengatakan Ponpes Al-Zaytun sebagai lembaga pendidikan akan tetap diselamatkan. Namun, lembaganya akan dibina yang sesuai dengan visi dan misi yang tertulis serta tidak boleh ada kegiatan terselubung yang tidak sesuai dengan undang-undang.
“Lalu, terhadap institusinya kita sementara ini berpendapat supaya diselamatkan sebagai lembaga pendidikan dan dibina untuk menjadi lembaga pendidikan yang sesuai dengan visi dan misinya yang tertulis. Tidak boleh ada kegiatan terselubung dan penyisipan kegiatan-kegiatan yang tidak sesuai dengan peraturan perundang-undangan,” ujarnya.