Tim Jayapura dipimpin oleh Deputi III Kemenko Polhukam Sugeng Purnomo, sedangkan Benny Mamoto memimpin tim di Intan Jaya. Anggota tim di Jayapura sebagian besar merupakan unsur tokoh masyarakat Papua, antara lain Constan Karma, Taha Al Hamid, dan Michael Manufandu, serta mantan Dubes Indonesia di PBB Makarim Wibisono.
Sedangkan anggota Tim di Intan Jaya lebih beragam, antara lain tokoh masyarakat, agama, adat, dan tokoh kampus. Selain itu, terdapat pula dari unsur Kepolisian, TNI, Badan Intelijen Negara (BIN) serta Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban (LPSK).
Dalam pembentukannya, terdapat empat kasus yang menjadi objek investigasi TGPF. Keempat kasus ini yaitu penembakan yang menewaskan seorang warga sipil bernama Badawi dan prajurit TNI Serka Sahlan pada Kamis (17/9/2020).
Lalu, kasus penembakan Pendeta Yeremia Zanambani dan prajurit TNI bernama Pratu Dwi Akbar. Pendeta Yeremia dan Pratu Dwi Akbar ditembak di hari yang sama, Sabtu (19/9/2020).
Saat proses penggalian informasi pun TGPF bukannya tanpa masalah, mereka sempat diusik oleh KKB pada Jumat (9/10/2020). Penembakan terjadi pada sore hari pasca TGPF melakukan olah TKP di Distrik Hitadipa, Intan Jaya Papua.
Atas kejadian itu, dua orang terkena tembakan, yaitu Satgas Apter Hitadipa Sertu Faisal Akbar dan Anggota TGPF Bambang Purwoko yang juga merupakan dosen UGM Yogyakarta
Sertu Faisal mengalami luka tembak di pinggang. Sementara Bambang Purwoko, mengalami luka tembak di pergelangan kaki kiri dan pergelangan tangan kiri.