Pengaturan transportasi di kawasan aglomerasi sesuai Permenhub Nomor 13 Tahun 2021. Transportasi tetap beroperasi secara terbatas melayani kawasan aglomerasi yaitu :
a. Medan, Binjai, Deli, Serdang, dan Karo (Mebidangro).
b. Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, dan Bekasi (Jabodetabek).
c. Bandung Raya Kendal, Demak, Ungaran, Salatiga, Semarang, dan Purwodadi (Kedungsepur).
d. Jogja Raya.
e. Solo Raya.
f. Gresik, Bangkalan, Mojokerto, Surabaya, Sidoarjo, dan Lamongan (Gerbangkertosusila).
h. Makassar, Sungguminasa, Takalar, dan Maros (Maminasata).
"Pengaturan pengoperasian sarana transportasi darat pada kawasan perkotaan dibatasi jumlah operasionalnya, dengan tetap memperhatikan penyediaan bagi operasional sarana untuk kepentingan mendesak dan nonmudik," katanya.
Adapun transportasi kereta api lokal di Jawa, kereta api lokal perintis Jawa dan kereta api lokal di Sumatera tetap beroperasi secara terbatas selama masa peniadaan mudik 6-17 Mei 2021.