KPK saat itu tengah menyelidiki kasus korupsi Wisma Atlet di Hambalang, menyatakan bahwa Anas menjadi salah satu orang yang punya andil dalam skandal tersebut. Hal ini yang membuat banyak petinggi dari Partai Demokrat yang meminta kepada SBY yang menjabat sebagai presiden pada saat itu, untuk memerintahkan Anas Urbaningrum mundur dari kursi Ketua Umum.
Atas dakwaan itu, pada 2013, Anas Urbaningrum mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Ketua Umum, sekaligus menandai keluarnya ia dari Partai Demokrat.
Anas divonis 7 tahun penjara. Pada kasasi, hukumannya diperberat menjadi 14 tahun penjara dengan denda Rp57 miliar. Setelah melakukan Peninjauan Kembali (PK), hukuman Anas diringankan menjadi 8 tahun.