Kariernya di bidang reserse antara lain dimulai dengan menjabat Kasubdit Resmob Polda Metro Jaya pada 2015. Setahun kemudian, dia dipercaya menjadi Kasat Reskrim Polres Metro Jakarta Selatan.
Pada 2018, Eko mendapat penugasan sebagai Kapolres Pelabuhan Tanjung Priok. Dua tahun berselang, tepatnya Agustus 2020, dia dipercaya menduduki jabatan Kepala Bagian Monitoring dan Evaluasi (Kabagmon) Robinopsnal Bareskrim Polri.
Karier Irjen Eko berlanjut ke bidang teknologi informasi kepolisian. Pada 2022, dia memperoleh kenaikan pangkat menjadi brigadir jenderal (Brigjen) dan menjabat Pengembang Teknologi Informasi Kepolisian Utama Tingkat II Divisi Teknologi Informasi dan Komunikasi Polri.
Pada Maret 2025, Irjen Eko ditunjuk menjadi Direktur Tindak Pidana Narkoba (Dirtipidnarkoba) Bareskrim Polri. Penunjukan tersebut tertuang dalam Surat Telegram Nomor ST/488/III/KEP./2025 tertanggal 12 Maret 2025.
Saat menjabat Dirtipidnarkoba, dia menangani pengungkapan sejumlah kasus narkotika, termasuk jaringan peredaran berskala besar. Pengalaman tersebut memperkuat rekam jejaknya di bidang penyidikan tindak pidana.