Lili Pintauli juga pernah bekerja sebagai asisten pengacara di kantor advokat Asamta Parangiunangis, SH & Associates pada 1992-1993. Kemudian pada 1999-2002, perempuan kelahiran Tanjung Pandan ini menjabat sebagai Direktur Eksekutif Pusat Bantuan dan Penyadaran Hukum Indonesia (Pusbakumi) Medan.
Lili kemudian lolos seleksi menjadi Komisioner Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban (LPSK) selama dua periode, mulai dari 2008-2013 hingga 2013-2018.
Setelah menyelesaikan masa tugas di LPSK, Lili Pintauli kemudian membuka kantor advokat sendiri sebelum akhirnya terpilih menjadi Wakil Ketua KPK periode 2019-2023.
Karier Lili Pintauli berakhir setelah dirinya memutuskan mengundurkan diri. Berdasarkan informasi yang dihimpun, pengunduran diri Lili Pintauli tersebut diduga sebagai buntut dari dugaan pelanggaran kode etik berupa gratifikasi tiket MotoGP Mandalika yang menyeret namanya.
Laporan dugaan pelanggaran etik Lili Pintauli dilanjutkan ke sidang etik setelah Dewan Pengawas (Dewas) KPK mengantongi keterangan dari para saksi. Diantaranya adalah keterangan dari Direktur Utama (Dirut) Pertamina, Nicke Widyawati.
Dalam laporannya, Lili Pintauli diduga menerima tiket nonton ajang balap MotoGP di Sirkuit Mandalika Lombok dan fasilitas penginapan dari PT Pertamina. Tiket dan fasilitas penginapan tersebut merupakan bentuk gratifikasi yang dilarang diterima oleh penyelenggara negara maupun pimpinan KPK.