Pemilu 2004 menjadi tonggak sejarah sebagai pemilu presiden pertama yang dilakukan secara langsung, setelah amandemen UUD 1945. Pada periode ini, terdapat dua jenis pemilu, yakni memilih anggota parlemen dan presiden.
Pemilu 2004 berlangsung dalam dua putaran, putaran pertama pada 5 Juli dan putaran kedua pada 20 September. Hasilnya, pasangan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dan Jusuf Kalla terpilih sebagai Presiden dan Wakil Presiden RI periode 2004–2009.
Pemilu 2009 dilaksanakan dengan metode yang sama seperti sebelumnya, namun dengan beberapa penyesuaian. Pemilu untuk memilih Presiden dan Wakil Presiden diadakan pada 8 Juli 2009, sementara pemilihan anggota DPR, DPD, dan DPRD dilaksanakan lebih awal, yakni pada 9 April 2009.
Hasilnya, SBY kembali terpilih sebagai Presiden, kali ini dengan Boediono sebagai Wakil Presiden untuk periode 2009–2014.
Pada pemilu 2014, dua jenis pemilu dilaksanakan, yakni pemilihan legislatif dan calon presiden serta wakil presiden. Pemilu untuk anggota DPR, DPD, dan DPRD diadakan pada 9 April 2014 untuk dalam negeri dan antara 30 Maret hingga 6 April 2014 untuk luar negeri.