Setelah itu, pada masa Orde Baru, pemilu diadakan secara teratur setiap 5 tahun. Presiden Soeharto memimpin selama 32 tahun dalam enam kali pelaksanaan pemilu untuk memilih anggota DPR, DPRD Tingkat I dan DPRD Tingkat II.
Sementara itu, Presiden dan Wakil Presiden dipilih melalui Sidang Umum MPR. Meskipun Soeharto menjabat sebagai Presiden selama 32 tahun, wakil presiden selalu berganti setiap Periode.
Kejatuhan Presiden Soeharto menyebabkan pemilu yang awalnya dijadwalkan pada 2002 dipercepat menjadi tahun 1999. Pemilu pada 7 Juni 1999 ini menandai pemilu pertama di era reformasi. Berbeda dengan pemilu sebelumnya, kali ini ada 48 partai yang ikut serta.
Dari 48 partai tersebut, hanya 21 yang berhasil mendapat kursi di DPR, dengan PDIP meraih suara terbanyak. Hasil Sidang Umum MPR kemudian menetapkan Abdurrahman Wahid (Gus Dur) sebagai Presiden dan Megawati Soekarnoputri sebagai Wakil Presiden.
Pasangan Abdurrahman Wahid dan Megawati Soekarnoputri kemudian digantikan oleh pasangan Megawati Soekarnoputri dan Hamzah Haz melalui Sidang Istimewa MPR pada 23 Juli 2001.