Dikutip dari laman MAARIF Institute, Buya Syafii lahir di Calau, Sampur Kudus, Sumatera Barat pada 31 Mei 1935. Dia dibesarkan di lingkungan Muhammadiyah.
Pria yang dikenal sebagai cendekiawan itu mengenyam pendidikan di IKIP Yogyakarta (sekarang UNY) dan meraih gelar Sarjana Sejarah pada 1968.
Dia kemudian mengikuti program beasiswa full bright untuk pendidikan jenjang magister di epartemen Sejarah Universitas Ohio, Amerika Serikat (AS). Setelahnya, dia melanjutkan pendidikan untuk meraih gelar doktor di Universitas Chicago, AS.
Buya Syafii malang melintang di bidang intelektual. Dia tercatat pernah menjabat sebagai tenaga pengajar di PGA Muhammadiyah Lombok Timur (1956-1957), asisten dosen di UNY dan Universitas Islam Indonesia (UII) Yogyakarta pada 1997.
Dia juga dikukuhkan sebagai guru besar filsafat di UNY pada tahun yang sama dan mengajar di Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
Kemudian pada 28 Februari 2003, dia mendirikan MAARIF Institute for Culture abd Humanity. Lembaga ini fokus terhadap isu-isu keislaman dan demokrasi.
MAARIF Institute didirikan sebagai kesadaran akan pentingnya institusi kultural yang memperjuangkan tersosialisasikannya watak dan ciri khas Islam Indonesia sebagai agama rahmatan lil al-alamin, inklusif, dan toleran serta memiliki kesesuaian dengan demokrasi yang berpihak kepda keadilan.